Foi almotacel em 1597 e em 1629; procurador do concelho em 1606. Vereador em 1629, mas excluído por ter sido excomungado. Foi nomeado juíz dos índios em 1606 e em 1615 era meirinho do campo. Seguiu em 1602 na bandeira de Nicolau Barreto e em 1615 na de Lázaro da Costa. Em 1611 era mordomo do Rosário. Francisco é citado também como Francisco de Siqueira Gil e Francisco de Siqueira, o Velho. Sabe-se que foi irmão de Sebastião Gil, o Velho.