A ascendência de Gonçalo é incerta, portanto aqui ele será fim de linha.
Especula-se que ele seria D. Gonçalo Afonso de Avis Trastâmara Fernandes, chamado “o Máscara de Ferro Português”, que faleceu a 13 de julho de 1539. Em um site de genealogia da Ilha da Madeira, encontra-se esta citação do Elucidário Madeirense:
 
Foi um antigo povoador desta ilha e cuja personalidade os antigos nobiliários madeirenses envolvem nas sombras do mistério, parecendo no entretanto tratar-se dum filho do rei D. Afonso V e de sua sobrinha D. Joana, a Excelente Senhora. 
[...]
“. . . Gonçalo Fernandes, cujo verdadeiro nome era D. Gonçalo Afonso de Aviz Transtamara Fernandes, filho de D. Afonso V e da infeliz rainha D. Joana de Castela, a Excelente Senhora, que à força obrigaram a professar em Santa Clara de Coimbra. Era a este que competia suceder no trono a D. João II, se por conveniências de ordem política com a Espanha e com receio de que o matassem, não tivessem ocultado o seu nascimento, desterrando-o para a ilha da Madeira, com proibição de de lá sair, muito embora levasse ali vida de príncipe, que de direito lhe pertencia, nada lhe faltando da parte da Casa Real para a ostentação dessa grandeza, enviando-lhe todos os anos caravelas carregadas com tudo o que lhe era preciso. Com a morte de D. João II e com o sequestro de D. Gonçalo quebrou-se a geração real, indo por isso ocupar indevidamente o trono de Portugal D. Manuel e sendo ainda mais anômala a sucessão dos Braganças”.